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O CE3C é composto por 42 grupos de investigação, integrados em quatro áreas de investigação:

Ecologia e Conservação em Diferentes Escalas

Ecologia Comportamental e Conservação
Teresa Catry

Líder de Grupo

Teresa Catry
Monitorização da Biodiversidade e Ciência Cidadã
Patrícia Tiago

Líder de Grupo

Patrícia Tiago
Conectividade Ecológica e Conservação
Maria Ana Dias

Líder de Grupo

Maria Ana Dias
Entomologia e Ecologia Subterrânea
Ana Sofia Reboleira

Líder de Grupo

Ana Sofia Reboleira
Ecologia Integrativa da Vida Selvagem e Conservação
Luís Miguel Rosalino

Líder de Grupo

Luís Miguel Rosalino
Biodiversidade, Biogeografia e Conservação das Ilhas
Paulo A. V. Borges

Líder de Grupo

Paulo A. V. Borges
Aprendizagem Automática em Ecologia
Pedro Cardoso

Líder de Grupo

Pedro Cardoso
Coleções de História Natural & Sistemática
César Augusto Rodrigues Garcia

Líder de Grupo

César Augusto Rodrigues Garcia
Biodiversidade Tropical e Mediterrânica
Jorge M. Palmeirim

Líder de Grupo

Jorge M. Palmeirim
Plantas e Sistemas Tropicais
Luís Catarino

Líder de Grupo

Luís Catarino