Genómica Microbiana e Bioinformática

O grupo de Genómica Microbiana e Bioinformática investiga como os genomas bacterianos e os microbiomas evoluem e se adaptam ao longo do tempo.

A nossa investigação centra-se nos agentes patogénicos de origem alimentar, na transferência horizontal de genes e na disseminação de características-chave, tais como a resistência aos antibióticos e a virulência. Analisamos também a persistência bacteriana e a adaptação ambiental, contribuindo para uma perspetiva mais ampla da abordagem «One Health» sobre o impacto da evolução microbiana na saúde humana, animal e dos ecossistemas.

Os principais objetivos da nossa investigação incluem:

1. Investigação da epidemiologia dos plasmídeos nos principais agentes patogénicos bacterianos de origem alimentar, com especial ênfase no seu papel na propagação da resistência aos antibióticos ao longo da cadeia alimentar. Estudamos também a prevalência e o comportamento dos plasmídeos crípticos, explorando as suas potenciais vantagens adaptativas, incluindo a sua capacidade de adquirir e disseminar genes de resistência aos antibióticos;
2. Compreender como a plasticidade genómica, mediada por elementos genéticos móveis, permite que as comunidades microbianas respondam a condições de stress, tais como a exposição a antibióticos e pressões antropogénicas, e se adaptem a ambientes em mudança;
3. Elucidar a recorrência da Listeria monocytogenes em ambientes de transformação alimentar, apesar dos procedimentos padrão de limpeza e desinfeção. Este agente patogénico é responsável por uma proporção significativa das mortes relacionadas com doenças de origem alimentar. O nosso objetivo é desenvolver abordagens bioinformáticas em grande escala para identificar redes genéticas envolvidas na sua persistência em diversos ambientes e caracterizar as forças evolutivas subjacentes a este processo.
4. Contribuir para a «FAIRificação» dos dados das ciências da vida na genómica bacteriana e na metagenómica.

O nosso trabalho contribui para múltiplas dimensões da investigação e desenvolvimento, a par de um forte compromisso com a divulgação e a sensibilização. Estamos ativamente envolvidos na orientação de estudantes de mestrado e doutoramento e na ministração do curso avançado “Bioinformatic Analysis of Biological Sequences”, ministrado pelo CE3C.